因為負離子帶負電荷可與H 中和而消除氫鍵，從而可將大分子團水切割成小分子團水。小分子團水具有良好生理效應。

病人在做負離子治療時，常在負離子治療儀前放置一杯水，在洽療結束后將此水飲下，或涂在病變的皮膚上或用來點眼睛，都收到良好治療效果，其機理就是小分子團水的作用。另外，由于小分子六環水作為信息載體能將負離子場信息帶入體內細胞間，對病態細胞場具有調整、矯正作用。